Часть проблем с CTR хорошо видна, если посмотреть на те самые цифры в статистике, которые тихо уничтожают рекламу «Как по статистике оценить результативность рекламы?»
Если по ощущениям показатели выглядят прилично, но внутри остается тревога, не стоит игнорировать звоночки, что бюджет в Яндекс.Директ не работает на бизнес. Почитайте в статье «Как понять, что бюджет в Яндекс Директ уходит впустую»